وكان الاحتلال اعتقل الخليلي بتاريخ 11/2/2003 من منزله في نابلس وتعرض لتحقيق قاسي خلال فترة اعتقاله قبل أن يصدر الاحتلال حكما بحقه لـ22 عاما، ويقبع حاليا في سجن النقب الصحراوي، ويكمل دراسته الجامعية، بعد أن حصل على درجة البكالويوس في تاريخ الشرق الأوسط من جامعة القدس المفتوحة.
الأسير سامي الخليلي من نابلس يدخل عامه الـ18 في الأسر
